Элайджа Вуд родился в городе Сидар-Рапидс штата Айова и был средним из трёх детей Уоррена и Дэбби Вуд.

У Элайджи австрийские, немецкие, датские и английские корни. У него есть брат, Зак Вуд, продюсер видеоигр (родился в 1974 году), и сестра, Ханна Вуд (родилась в 1984 году), поэтесса и актриса (она играла небольшие роли в некоторых фильмах Элайджи).

В детстве Элайджа брал уроки игры на фортепиано у Марлены Лофтсгарден в родном городе.

Он был очень энергичным ребёнком, поэтому его часто называли Spark Plug, а также «Обезьянкой», потому что он любил везде лазать.

Когда Элайджа начал сниматься в кино, его семья переехала из Айовы в Лос-Анджелес.

В 1996 году его родители развелись, и отец вернулся в Айову.

Долгое время Элайджа жил в Лос-Анджелесе и позже в Нью-Йорке.